Niewątpliwie z każdą nową zmianą powinny płynąć korzyści. Nie inaczej jest także w tym przypadku. Główną zaletą wprowadzenia KSeF jest ogólna standaryzacja e-Faktur. Jeden właściwy wzór oraz format dokumentu pozwoli na uniknięcie lub wczesne wykrycie pojawiających się pomyłek czy nieprawidłowości podatkowych.

Podatnicy, którzy już w tym roku zaczęli korzystać z platformy KSeF, szybciej otrzymali zwrot podatku VAT. Czas oczekiwania został skrócony z 60 do 40 dni.

Dodatkowo Krajowy System e-Faktur usprawni także procesy w innych kwestiach. Po pierwsze wszystkie wystawione e-Faktury będą archiwizowane w systemie przez 10 lat oraz zniesiony zostanie obowiązek gromadzenia ich w formie papierowej. Kolejną zaletą KSeF-u jest ułatwiony dostęp do dokumentów zarówno dla podatników jak i organów państwowych. Aby szybko odnaleźć interesującą nas e-Fakturę, wystarczy zalogować się do systemu. Często zdarzały się także przypadki, że dokumenty nie docierały do odbiorcy, ponieważ „ginęły” podczas wysyłki tradycyjną pocztą lub trafiały do spamu mailowego. KSeF ma wyeliminować takie problemy. Ponieważ faktury ustrukturyzowane są w pełni ujednolicone to łatwiej będzie porównywać je między sobą. Kolejną korzyścią takiego rozwiązania jest lepsza efektywność pracy oraz obniżenie kosztu obsługi księgowej z racji automatycznego księgowania. Dodatkową zaletą wprowadzenia tego systemu będą większe możliwości w zakresie wymiany zamówień na terenie UE.

Przewiduje się, że KSeF będzie musiał obsłużyć ponad 2 mld faktur miesięcznie.